先天性梅毒的發病率隨女性梅毒發病率的波動而波動,與女性梅毒的感染率呈平行關系。
第2次世界大戰後,由于和平環境及青霉素的廣泛應用,世界各國的早期梅毒迅速減少,先天性梅毒的發病也大為減少;20世紀80年代後期,由于美國疾病控制中心(CDC)對先天性梅毒的傳播標準重新進行了修訂以及吸毒等不良行為因素的影響,先天性梅毒的發生率又大幅度上升;20世紀90年代,俄羅斯及前蘇聯其他國家由于社會、經濟發生巨變,梅毒及先天性梅毒的發病率也大為升高,在莫斯科孕期梅毒的發生率1990年為0.02%,1998年是1990年的50多倍,為1.10%;在我國,近十幾年來隨著內外交往增多和受西方觀念的影響,梅毒又重新抬頭,先天性梅毒的發病率呈逐年上升的趨勢。目前總的來說,先天性梅毒在美國、英國、法國等發達國家發病率極低,在發展中國家及貧窮落後國家發病率仍然很高。
不僅國家、時代不同先天性梅毒的發病率不一,同一國家的不同地區、不同人群中先天性梅毒的發病率也不同。在美國活產嬰兒中,1997年先天性梅毒的發病率為27.8/10萬,由于採取了一系列有效的防治措施,1999年先天性梅毒的發病率降為14.5/10萬;2000年,美國活產嬰兒中先天性梅毒的發病率為13.4/10萬,其中南部的發病率最高為18.8/10萬,西中部發病率最低為9.1/10萬,美籍黑人先天性梅毒的發病率高達49.3/10萬,美籍西班牙人發病率為22.6/10萬,美籍亞太人發病率為5.9/10萬。在得克薩斯,研究者發現感染HIV的母親所生嬰兒先天性梅毒的發生率是普通人群的50倍。
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