非淋菌性尿道炎的表現與淋病相似。那末，怎樣才能診斷非淋菌性尿道炎呢？最重要的是尿道炎患者的尿道分泌物塗片和培養均找不到淋球菌。此外，還應考慮下列幾點：
1、有婚外性行為或配偶感染史，潛伏期1～3週；
2、典型的症狀是尿道刺癢，伴有或輕或重的尿急、尿痛及排尿困難，男性有尿道粘液性或粘液膿性分泌物，尿道口發紅，女性陰道白帶多，下腹疼痛，宮頸水腫，有粘液膿性分泌物；
3、尿道或宮頸分泌物塗片革蘭染色，在1000倍顯微鏡視野下多形核白細胞數大于5個。
在排除了淋病之後，凡符合上述3條標準中的2條，即可診斷為非淋菌性尿道炎。如患者有尿道炎症狀，但檢查時未見分泌物或顯微鏡未見有尿道炎的證據，應在7天內復查。復查前4～8小時不排尿。在復查時，如果僅符合一條標準，則應取首段尿作尿沉渣鏡檢，在500倍顯微鏡視野下如果多形核白細胞大于15個，也可確立診斷。在臨床上，第三條標準是比較重要的，有時其他標準不太明確和可靠，但如有上述的第三條標準，診斷也可成立。
在有條件的地方，能開展衣原體抗原檢測試驗、衣原體培養、支原體培養工作，則對診斷更有幫助。
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