目前認為慢性萎縮性胃炎若早期發現，及時積極治療，病變部位萎縮的腺體是可以恢復的，其可轉化為淺表性胃炎或被治愈，改變了以往人們對慢性萎縮性胃炎不可逆轉的認識。
慢性萎縮性胃炎被稱為胃癌的背景性疾病，但根據國內多年隨訪資料分析，其絕大多數預後良好，少數可癌變，其癌變率為1%～3%。單純萎縮性胃炎尤其是輕、中度萎縮性胃炎癌變率低，而重度萎縮性胃炎伴中、重度腸上皮化生及重度不典型增生者，或伴癌胚抗原陽性的病人，癌變率高，應引起高度重視，定期隨訪，每3至6月復查胃鏡一次，有條件者可查細胞脫氧核糖核酸(DNA)含量及腫瘤相關抗原；手術後萎縮性殘胃炎者因其長期受膽汁反流的刺激，癌變率亦較高，應積極採取措施，減輕堿性反流液的刺激，預防癌變的發生。
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